به طور کلی مشکلات در حوزه آب و کشاورزی عبارت اند از:

  1. تلفات زیاد آب در مزارع كشاورزی
  2. بهره برداری نامناسب از تأسیسات آبیاری موجود
  3. نشت آب از كانال های انتقال آب
  4. نامناسب بودن شكل و اندازه مزارع در ارتباط با مقدار آب و نحوه آبیاری
  5. نبود آگاهی كشاورزان از اهمیت بهینه سازی و كارایی مصرف آب آبیاری
  6. استفاده نكردن از روش های آبیاری مناسب
  7. قیمت گذاری نامناسب منابع آب
  8. نامناسب بودن كیفیت بعضی از اراضی
  9. نامناسب بودن كیفیت منابع آب مورد استفاده به ویژه آب های زیرزمینی (تهدید كمی و كیفی این منابع)
  10. نامناسب بودن الگو و تراكم كشت محصولات زراعی و باغی
  11. توجه نكردن به میزان مصرف آن در انتخاب تولید محصولات كشاورزی
  12. اعمال نكردن تعرفه های مناسب مصرف آب برای محصولات مختلف و نامناسب بودن نظام قیمت گذاری آب.[1]

از تبعات عدم وجود مدیریت یکپارچه در مدیریت آب می توان به موارد زیر اشاره کرد:

  • ‏‏نداشتن تعریف واحدی از خشکسالی.
  • در اولویت نبودن برنامه‌های مقابله با خشکسالی.
  • تخصیص ناموزون و نابرابر منابع مالی و انسانی به امر مقابله با خشکسالی.
  • اولویت بخشی یه برنامه‌های کوتاه مدت مقابله با خشکسالی.
  • نبود منابع اطلاعاتی مناسب و در دسترس نبودن اطلاعات واقعی در مورد میزان خسارت‌های وارده از خشکسالی که امر برنامه‏ریزی برای مقابله با خشکسالی را با مشکلات مضاعفی روبرو می‌ساخت.‏(کارپیشه، 1395، 121)

مورد قابل ذکر دیگر، تمرکز سیاست‌های آبی بر مهار آب‌های سطحی بود که موجب غفلت از توجه به مواردی مانند اصلاح نظام‌های آبیاری و اتخاذ الگوهای کشت متناسب منطقه‌ای شد. مسئله دیگر بی ارزش کردن جایگاه آب در نزد مردم خصوصاً کشاورزان بود که اصلی‌ترین دلیل آن را می‌توان تولید آب ارزان یا رایگان دانست.» ‏(مهدوی‏فر، 1393، 99-98)

[1] ‏محمدجانی و یزدانیان، «تحلیل وضعیت بحران آب در كشور و الزامات مدیریت آن»، 130.