شاهرخ هم مانند امیر تیمور با بزرگان سادات که از‌ لحاظ‌ سیاسی و ایدئولوژی رقیب وی بودند،‌ به‌ ناسازگاری‌ می‌پرداخت‌ که‌ معروف‌ترین آنها سیّد‌ قاسم‌ انوار صوفی شیعه مذهب تبریزی(درگذشته 827 ه.ق) بود. او از مریدان شیخ صفی‌الدّین اردبیلی بود و لقب انوار را از او‌ گرفت و در سراسر خراسان جمعیت زیادی به او‌ گرایش‌ یافتند‌ و همیشه‌ جمع‌ زیادی از مظلومان به دادخواهی از ظالمان نزد وی می‌آمدند.[1] با این حال پیروان قاسم انوار دچار طعن مخالفان گردیدند[2] و طبق سنت رایج در تاریخ ایران علمای قشری محبوبیت سید را برنتافتند. سید قاسم انوار وقتی به خراسان رفت علمای ظاهری نیشابور به اعتراض او برخاستند بنابراین به هرات رفت و دوباره اصحاب اغراض نزد شاهرخ اعتراض کردند که این سید را بودن در این شهر مصلحت نیست چراکه اکثر جوانان مرید او شده اند مبادا از این حال فسادی تولید کند.[3] علاوه بر این قاسم انوار در قضیه ترور نافرجام شاهرخ در سال 830 ه.ق متهم شده بود و بنابراین پادشاه به اخراج سید حکم فرمود.[4] شاهرخ که از نفوذ او در میان مردم می‌ترسید، همیشه در پی آن بود که وی را‌ از هرات بیرون راند. از قضا در سال 830 شخصی به نام احمد لر، از مریدان فضل‌اللّه استرابادی، در مسجد جامع هرات شاهرخ را مورد سوء قصد قرار داد. شاهرخ‌ که‌ به دنبال فرصتی برای بیرون راندن سید قاسم بود، وی را در این قضیه متّهم دانست و تکلیف کرد از شهر بیرون برود. ولی نفوذ کلام و محبوبیت سیّد‌ در‌ میان مردم آن‌چنان بود که شاهرخ نمی‌توانست او را به راحتی از شهر بیرون راند، پس شاهزاده بایسنقر میرزا را نزد او فرستاد‌ و توانست با لطایف الحیل سیّد‌ را‌ راضی کند که از هرات به سمرقند برود. 

 

[1] ‏سمرقندی، تذکره الشعرا، 261.

[2] ‏یوسفی و رضایی جمکرانی، «تصوف تشیع گرای قرن نهم»، 172.

[3] ‏سمرقندی، تذکره الشعرا، 261.

[4] ‏یوسفی و رضایی جمکرانی، «تصوف تشیع گرای قرن نهم»، 176.